Na ochranu prírodných hodnôt boli Kremnické vrchy zaradené medzi biocentrá nadregionálneho významu a uvažovalo sa so zriadením CHKO Kremnické vrchy.

Geologické zloženie predstavuje súbor sopeč?ných hornín zastúpených najmä andezitmi, ryolitmi, sopeč?nými brekciami a tufmi. V minulosti tu boli významné ložiská zlata. Povrch je rozč?lenený do sústavy chrbtov a rázsoch striedajúcich sa s hlbokými dolinami. Časté sú bralnaté tvary a kamenné moria.

Priamo v mikroregióne sa nachádzajú tieto chránené územia:

Kremnický štós - prírodná rezervácia, nachádza sa nad mestom Kremnica, na západ-nom svahu Kremnického štítu (1008  m n. m.) vo výškovom rozpätí 750 – 920  m. Postupným zvetrávaním lávových prúdov a pyroklastík, vonkajšími a vnútornými podmienkami tohto deštrukč?ného procesu sa vytvorila morfologicky hodnotná scenéria skupín skalných útvarov – Paľova skala, Satan, Hadia skala a č?alšie. Sú vhodné na výcvik horolezcov zač?iatoč?níkov. Cenné sú sukcesné štádiá machorastov a lišajníkov na skalnatom substráte.

Jastrabská skala - prírodná pamiatka, má výmeru 8, 46 ha a leží JV od obce Bartošova Lehôtka. Ide o dominantný vrchol zo západnej strany charakterizovaný zvislou kamennou stenou, ktorá na úpätí prechádza do sutín. Väč?šina plochy je zalesnená, prevažuje buk (90%) nad dubom (10%).

Alžbetina skala – pozostatok stuhnutého č?ela lávového prúdu pyroxenických andezitov.

Ihráč?ske kamenné more - prírodná pamiatka, nachádza sa na južnom okraji obce Ihráč?. Je to významná geologicko- geomorfologická lokalita. Predmetom ochrany je rozpadajúci sa sopúch, relikt prírodného kanála lávy. Jeho rozpadom vznikla sústava kamenných brál. Ich zvetrávaním vzniknutá sutina vytvorila na úpätí kamenné more

Vejmutovkový porast - chránený areál, bol vyhlásený v roku 1981 na rozlohe 4, 62 ha v k.ú. Kremnica, ale v roku 2002 bola ochrana podľa zákona o ochrane prírody zrušená. V súč?asnosti je ochrana zabezpeč?ená podľa lesného zákona. Predmetom ochrany bol jeden z najstarších umelo založených porastov borovice hladkej na Slovensku slúžiaci na sledovanie rastu pôvodom severoamerickej dreviny v našich podmienkach. O rozšírenie tejto borovice v európskych štátoch sa prič?inil anglický lord Weymouth. Od roku 1987 je pozorované postupné odumieranie jedincov tejto borovice, č?o sa pripisuje úč?inkom extrémneho sucha s následným napadnutím hmyzími škodcami.

Kormendyho jaskyňa na úboč?í Kremnického Šosu – vznikla pri ťažbe kameňa na stavbu železnice Zvolen- Vrútky (r. 1869-1872). Následne ju obýval bylinkár Kormendy, po ktorom dostala aj pomenovanie.

Bujač?ia lúka - prírodná rezervácia, nachádza sa na JV okraji intravilánu mesta Kremnica, po pravej strane štátnej cesty vedúcej na Skalku. Ide o chránené územie, kde dôvodom ochrany je koncentrovaný výskyt chráneného a ohrozeného druhu flóry Slovenska - šafrána dvojfarebného. Bujač?ia lúka je typická podhorská ovsíková kosná lúka, kde okrem šafránu sú prítomné i č?alšie chránené a ohrozené druhy.

     K č?alším prírodným zvláštnostiam mikroregiónu  patria aj Jánošíkové diery medzi Vyhnátovou a Zlatou studňou, prameň termálnej vody navŕtaný pri geologickom prieskume pri šachte Ludovík, velestúr a smreč?ník s nápisom tzv. runy.

Je potrebné uviesť aj tie chránené územia, ktoré sa nachádzajú v blízkosti mikroregiónu. Medzi ne patria: Badínsky prales, Mláč?ik, Boky s Čertovou skalou, Harmanecká jaskyňa a Svrč?inník.

V opisovanom regióne sa vyskytujú aj chránené stromy: sekvojovec na Zlatej ulici v Kremnici, dub a tisy obyč?ajné v Zechenterovej záhrade v Kremnici, Leopoldova lipa pri prepadlisku Šturec v Kremnici a lipa na Starých Piargoch v Kremnických Baniach. Obvod týchto stromov presahuje 500 cm (tisy 300 cm), iba lipa v Kunešove má obvod nad 700 cm, táto však nie je vyhlásená za chránený strom. Výškové rozpätie v regióne vplýva na rôznorodosť fauny a flóry.

Z fauny dominuje vtáctvo - najmä drozd č?vikotavý, drozd č?ierny, pinka obyč?ajná, slávik obyč?ajný, ale aj vzácne druhy ako myšiak hôrny, sova obyč?ajná, bocian č?ierny, jastrab krahulec, orol skalný. Ojedinelý je výskyt i medveč?a hnedého a s veľkým šťastím je možné stretnúť rysa ostrovida.

Zo vzácnych druhov rastlín a stromov je možné uviesť - šafrán dvojfarebný, žltohlav európsky, ľalia zlatohlavá, kosatec sibírsky, vstavač?e, horec luskáč?ovitý, lykovec jedovatý a zo stromov borovica limba, borovica horská - kosodrevina a tis obyč?ajný.